Οι τελευταίες κατηγορίες που τον βάρυναν ήταν φερόμενη πλαστογραφία κατά του 140ου Πατριάρχου Ιεροσολύμων και ψευδορκία εναντίον του. Ο κ. Ειρηναίος με ένορκη δήλωσή του δήλωσε: 1. Δεν επιθυμώ να παραστώ ως πολιτικός ενάγων στην δίκη του Αποστόλου Βαβύλη
2. Ο Απόστολος Βαβύλης (π.Ραφαήλ) είναι απολύτως αθώος από όλες τις αποδιδόμενες σ' αυτόν κατηγορίες που οφείλονται σε σκευωρία που σκοπό είχαν να πλήξουν την Ορθοδοξία, τον Ελληνισμό και το πρόσωπό μου.
3. Ο Απόστολος Βαβύλης ουδέποτε πλαστογράφησε την υπογραφή μου ούτε βέβαια εκαρπώθη το οποιοδήποτε ποσό για λογαριασμό μου ούτε εγώ ισχυρίστηκα ποτέ κάτι τέτοιο. Αντίθετα προσέφερε πολλά στο έργο μας και στο Πατριαρχείο Ιεροσολύμων
4. Ουδέποτε υπήρξε ψευδομάρτυρας εναντίον μου
Είναι χαρακτηριστικό ότι ΚΑΝΕΝΑΣ από όσους από τους 26 μάρτυρες του κατηγορητηρίου παρέστησαν δεν είπε τίποτε επιβαρυντικό για τον μέχρι χθες κατηγορούμενο.
Ο Απόστολος Βαβύλης στην απολογία του είπε: "Είμαι ΑΘΩΟΣ κάτι που το λέω από την πρώτη στιγμή και πως όλη αυτή η υπόθεση "φούσκωσε" από τα ΜΜΕ για δικούς τους λόγους και για να πλήξουν τον Μακαριστό Αρχιεπίσκοπο Αθηνών και Πάσης Ελλάδος Χριστόδουλο.
Στην πορεία της έχασα τον πατέρα μου, καταστράφηκα τελείως οικονομικά, διασύρθηκα με πρωτοφανή βαρβαρότητα, αλλά ΒΡΗΚΑ ΤΟ ΘΕΟ. Προσεύχομαι στον Κύριο να συγχωρήσει όλους εκείνους που "προσπάθησαν να σκοτώσουν την ψυχή μου συκοφαντώντας με".
Ο κ. Βαβύλης δραστηριοποιείται ως συγγραφέας του Εκδοτικού Οργανισμού Α.Α.ΛΙΒΑΝΗΣ ετοιμάζει το δεύτερο βιβλίο του. Μάρτυρας στην δίκη παρέστη και ο Νομικός Σύμβουλος του Πατριαρχείου Ιεροσολύμων Σεβασμιώτατος Μητροπολίτης Καπιτωλιάδος κ. Ησύχιος
Ο Απόστολος Βαβύλης ο οποίος είχε ως συνήγορο τον κ. Άγγελο Πάρσαλη βγαίνοντας από το Μέγαρο του Εφετείου δεν θέλησε να κάνει καμμί δήλωση.
