Ωστόσο, πολλοί είναι εκείνοι που αντιμετωπίζουν τη χρήση του με ιδιαίτερη επιφυλακτικότητα, εκφράζοντας ανησυχίες για την ασφάλειά του και την επίδραση που μπορεί να έχει η ακτινοβολία που εκπέμπει στα θρεπτικά συστατικά των τροφίμων και την υγεία.
Στην πραγματικότητα, δεν υπάρχουν επιστημονικά δεδομένα που να δείχνουν πως η χρήση του φούρνου μικροκυμάτων προκαλεί μεγαλύτερη απώλεια θρεπτικών συστατικών, συγκριτικά με πιο «συμβατικούς» τρόπους μαγειρέματος, όπως το ψήσιμο στο φούρνο ή το βράσιμο στην κατσαρόλα. Αντίθετα, σε ορισμένες περιπτώσεις, επιτυγχάνεται μεγαλύτερη διατήρηση των θερμοευαίσθητων βιταμινών και φυτοχημικών συστατικών, καθώς ο χρόνος μαγειρέματος είναι μικρότερος, ενώ δε χρησιμοποιείται νερό, όπως για παράδειγμα στο βράσιμο, όπου μπορεί να «διαφύγει» σημαντική ποσότητά τους.
Αναφορικά με το πόσο ασφαλής είναι η χρήση φούρνου μικροκυμάτων για την υγεία γενικότερα, δεν υπάρχουν αρκετά ερευνητικά δεδομένα σχετικά με τις επιπτώσεις της μακροχρόνιας έκθεσης σε χαμηλά επίπεδα ακτινοβολίας από πιθανές διαρροές των εν λόγω συσκευών.
Σε κάθε περίπτωση, θα πρέπει πάντα να τηρούνται οι κανόνες ασφαλείας και να ακολουθούνται οι οδηγίες του κατασκευαστή κατά τη λειτουργία του φούρνου μικροκυμάτων, καθώς και να χρησιμοποιούνται κατάλληλα σκεύη.
