Η συγκρότηση της δευτεροβάθμιας αυτοδιοίκησης στην ευρύτερη ενότητα της περιφέρειας οδηγεί στην οργάνωση της αποκεντρωμένης διοίκησης σε ευρύτερα γεωγραφικά όρια.
Στην κατεύθυνση αυτή συντείνουν τα νέα δεδομένα και οι νέες σχέσεις που δημιουργούν τα υφιστάμενα και προγραμματιζόμενα δίκτυα υποδομών αλλά και το σύστημα πόλων και αξόνων ανάπτυξης της χώρας. Με τη Νέα Αρχιτεκτονική, η κρατικά αποκεντρωμένη διοίκηση οργανώνεται σε επίπεδο ευρύτερων χωρικών ενοτήτων, τις Γενικές Διοικήσεις, οι οποίες ανταποκρίνονται, με βάση λειτουργικά και αναπτυξιακά κριτήρια, στις απαιτήσεις της εδαφικής, κοινωνικής και οικονομικής συνοχής και προάγουν τη συνολική ανταγωνιστικότητα του Εθνικού Χώρου. Στη θέση των Διοικητικών Περιφερειών συγκροτούνται Γενικές Διοικήσεις.
Στην έδρα κάθε Γενικής Διοίκησης συνιστάται Γενική Διεύθυνση της οποίας προΐσταται μόνιμος δημόσιος υπάλληλος. Στις υπηρεσίες της Γενικής Διοίκησης εντάσσονται οι υπάλληλοι των υφιστάμενων Περιφερειών έκτος από εκείνους που μετατάσσονται στις Περιφερειακές Αυτοδιοικήσεις.
Στις αρμοδιότητες των Γενικών Διοικήσεων :
-ανήκουν οι γενικές κρατικές υποθέσεις, οι οποίες ασκούνταν μέχρι σήμερα από τις Διοικητικές Περιφέρειες και λόγω της φύσης τους ή για συνταγματικούς λόγους δεν μπορεί να μεταφερθούν στην περιφερειακή αυτοδιοίκηση και παραμένουν στην κρατική διοίκηση, π.χ. χωροταξία – πολεοδομία, περιβαλλοντική πολιτική, δασική πολιτική ή μεταναστευτική πολιτική,
-εντάσσονται όσες κρατικές αρμοδιότητες σταδιακά αποκεντρώνονται επειδή δεν είναι απαραίτητο να ασκούνται από την κεντρική διοίκηση, διευκολύνοντας την αποτελεσματική άσκηση του επιτελικού, συντονιστικού και ελεγκτικού της ρόλου,
-εντάσσονται, όπου αυτό κριθεί σκόπιμο, και κλαδικά αποκεντρωμένες κρατικές υπηρεσίες των υπουργείων, που έως σήμερα δεν είναι ενταγμένες στις διοικητικές περιφέρειες.
Ο ολοκληρωμένος επανασχεδιασμός των δύο βαθμών της αυτοδιοίκησης προϋποθέτει τη συνάρθρωσή τους με τη κρατική αποκεντρωμένη Διοίκηση, η ύπαρξη της οποίας προβλέπεται άλλωστε από το Σύνταγμα που ορίζει ότι η διοίκηση του κράτους οργανώνεται σύμφωνα με το αποκεντρωτικό σύστημα (άρθρο 101, παρ. 1) και ότι τα αποκεντρωμένα κρατικά όργανα έχουν γενική αποφασιστική αρμοδιότητα για τις υποθέσεις της ενότητας του (άρθρο 101, παρ. 3). Το προηγούμενο σύστημα διοικητικής αποκέντρωσης των κρατικών υπηρεσιών, εμφάνιζε μια σειρά από σημαντικά προβλήματα που έπρεπε να αντιμετωπισθούν:
-Μικρά μεγέθη σε σχέση με το νέο αναπτυξιακό σχεδιασμό και τα νέα δίκτυα μεταφορών της χώρας.
-Ελλείψεις ειδικευμένου προσωπικού και σημαντικές καθυστερήσεις ως προς την υιοθέτηση σύγχρονων μεθόδων διοίκησης.
-Ατροφία και, σε αρκετές περιπτώσεις, πολιτικοποίηση του συστήματος διοικητικής εποπτείας στους ΟΤΑ, απουσία συστηματικής τεκμηρίωσης και επεξεργασίας των δεδομένων του συστήματος εποπτείας (ποσοστά και αιτίες ακυρώσεων, αριθμός προσφυγών πολιτών ανά κατηγορίες κλπ.), αντιθέσεις μεταξύ του συστήματος διοικητικής εποπτείας και του συστήματος προληπτικού ελέγχου δαπανών από το Ελεγκτικό Συνέδριο.
