Η εκκλησία βρίσκεται κοντά στο παλάτι των Αγίων Μιχαήλ και Γεωργίου στην κεντρική πλατεία της πόλης.
Χτισμένη στα μέσα του 16ου αιώνα στον τύπο βασιλικής είναι αφιερωμένη στην Παναγία τη Μανδρακίνα και στον Άγιο Παντελεήμονα . Το όνομά της οφείλεται στην εικόνα της Παναγίας που βρέθηκε στη θάλασσα από τους ψαράδες στο λιμανάκι του Μανδρακίου το 1730 κι από τότε οι κάτοικοι του νησιού εορτάζουν με κάθε λαμπρότητα το δεκαπενταύγουστο την Παναγια. Η αρχιτεκτονική του ναού καθώς και ο πύργος του είναι εντυπωσιακά . Το 1944 υπέστη σοβαρή καταστροφή από τον βομβαρδισμό των Γερμανών στο νησί και αναστηλώθηκε μετά από μια περίπου πενταετία,χάρη στις συνδρομές των ενοριτών και κυρίως των αρτοποιών της Κέρκυρας οι οποιοι την είχαν υπό την προστασία τους.
Το κτίσμα του Ιερού Ναού της Υπεραγίας Θεοτόκου Μανδρακίνας διατηρεί περίτεχνη εξωτερική συμμετρική όψη με αετωματική απόληξη. Οι τοσκαναδωρικές παραστάδες της όψης και το τετράπλευρο πυργοειδές καμπαναριό με την περίτεχνη απόληξη, το οποίο ανακαινίστηκε το 1860 από τον αρχιτέκτονα Ιωάννη Χρόνη, εντυπωσιάζουν κάθε περαστικό. Το ισόγειο επίπεδο του ναού βρίσκεται χαμηλότερα του επιπέδου της πλατείας και περιβάλλεται από μικρή αυλή.Η λιτανεία της Παναγίας της Μανδρακίνας συνεχίστηκε να εορτάζεται απο το 1730 μεχρι και την λήξη του Β παγκοσμίου πολέμου όπου λόγω της φτώχιας του κόσμου η λιτανεία έπαψε να γίνεται ,μέχρι το 1999 όπου ο ιερέας του ναού μαζί με το εκκλησιαστικό συμβούλιο του Ι Ναού αποφάσισαν να ξαναγίνει η λιτάνευση του επιταφίου της Παναγίας,όπου και καθιερώθηκε να γίνεται ανήμερα το απόγευμα . Ετσι και φέτος με την συμμετοχή των ιερέων της πόλης, ο παπά Δημήτρης εφημέριος της ενορίας του Αγίου Ελευθερίου ,όπου ανήκει σήμερα ο ναός ,'οργανωσε με κάθε λεπτομέρεια την Ιερά πανύγηρι της Παναγίας της Μανδρακίνας.Με προπομπό μία από τις πολλές φιλαρμονικές του νησιού ,τα λάβαρα των ενοριών καθώς και τον λιτανευτικό σταυρό ,ο επιτάφιος ξεκίνησε την πομπή του μέσα από τα στενά καντούνια της πόλης για να καταλήξη και πάλι στην εκκλησία της Παναγίας.
