Η ύπαρξη αρχαίων κτισμάτων στο υπόγειο του κτιρίου διαπιστώθηκε στη διάρκεια των εργασιών που εκτελούνται από το Πολυτεχνείο Κρήτης, στο οποίο ανήκει, προκειμένου το όμορφο νεοκλασικό αυτό κτίριο να διαμορφωθεί σε πολιτιστικό κέντρο.
Αμέσως κλήθηκε η ΚΕ′ Εφορία Κλασικών Αρχαιοτήτων και με τη συνδρομή και του Πολυτεχνείου Κρήτης ξεκίνησαν οι ανασκαφές.
Όπως φαίνεται και από τις φωτογραφίες ήδη έχουν αποκαλυφθεί τμήματα τοίχων από κτίριο ή κτίρια τα οποία είχαν ανεγερθεί εκτός της βασικής περιοχής της αρχαίας πόλης των Χανίων.
Μάλιστα στην ευρύτερη περιοχή νότια και κοντά στη σημερινή Δημοτική αγορά έχουν ανευρεθεί στο παρελθόν κτίρια της ρωμαϊκής περιόδου, ενώ το 1998 στη διάρκεια εργασιών της ΔΕΥΑΧ σε απόσταση λίγων μέτρων από το μέγαρο Παπαδοπέτρου και συγκεκριμένα στη διασταύρωση των οδών Χιωτάκη-Τζανακάκη, είχαν βρεθεί κολόνες και άλλα κατάλοιπα από ρωμαϊκό κτίριο.
Το πότε θα ολοκληρωθούν οι ανασκαφές στο υπόγειο του κτιρίου, θα εξαρτηθεί από τα ευρήματα που θα αποκαλυφθούν.
