Την εποχή εκείνη οι Χερέρο, που τους είχαν πάρει τη γη τους, τα κοπάδια τους και δεν είχαν πλέον κανένα μέσο για να εξασφαλίσουν την επιβίωσή τους, εξεγέρθηκαν, σκότωσαν 123 Γερμανούς πολίτες και ξεκίνησαν έναν ανηλεή πόλεμο που κατέληξε στην εξόντωσή τους, στην έρημο Καλαχάρι. Από τους 80.000 ιθαγενείς επέζησαν μόνο οι 15.000.
Τα κρανία είχαν μεταφερθεί στη Γερμανία για επιστημονικούς σκοπούς αφού οι Γερμανοί σκόπευαν να τα μελετήσουν για να αποδείξουν την ανωτερότητα των Ευρωπαίων. Τα κρανία των Χερέρο είχαν "ξεχαστεί" στα ντουλάπια ενός πανεπιστημιακού νοσοκομείου του Βερολίνου και του πανεπιστημίου του Φράιμπουργκ. Η ιστορία ήρθε στο φως της δημοσιότητας μετά από τη δημοσίευση ενός ρεπορτάζ στον γερμανικό Τύπο.
Η κυβέρνηση της Ναμίμπιας ζήτησε αμέσως τον επαναπατρισμό τους και, μετά από τρία χρόνια διαπραγματεύσεων, 70 αξιωματούχοι έφτασαν στο Βερολίνο για να παραλάβουν τα πρώτα 20 από τα περίπου 300 κρανία που θα επιστρέψουν στην πατρίδα.
Στη Ναμίμπια οι Χερέρο άναψαν ιερές φλόγες στα παραδοσιακά ιερά μέρη τους για να "μιλήσουν" με τους προγόνους εν αναμονή της επιστροφής των κρανίων, στις 4 Οκτωβρίου. "Οι πρόγονοι θα γυρίσουν στο χώμα μας. Θα γυρίσουν επιτέλους στο σπίτι και έζησα για να το δω", είπε κλαίγοντας μια ηλικιωμένη γυναίκα.
Οι ιστορικοί θεωρούν τη σφαγή των Χερέρο την πρώτη γενοκτονία του 20ού αιώνα. Η ίδια η γερμανική κυβέρνηση είχε ζητήσει συγγνώμη τον Αύγουστο του 2004 για τις "θηριωδίες" που "σήμερα θα τις αποκαλούσαμε γενοκτονία", όπως είχε δηλώσει χαρακτηριστικά η εκπρόσωπος της Γερμανίας.
Οι Χερέρο και μια άλλη φυλή ιθαγενών, οι Νάμα, που εξεγέρθηκαν τον Οκτώβριο του 1905, ήταν οι πρώτοι που έζησαν σε στρατόπεδα συγκέντρωσης τα οποία έφτιαξαν οι Γερμανοί. Οι ιθαγενείς πέθαιναν από ασιτία και εξαιτίας των αφόρητων κλιματολογικών συνθηκών. Δεκάδες πτώματα ακρωτηριάστηκαν και τα κρανία μεταφέρθηκαν στο Βερολίνο για πειράματα.
Η Γερμανία αρνείται μέχρι σήμερα να καταβάλει αποζημιώσεις και θεωρεί ότι από τα 600 εκατομμύρια ευρώ που δίνει κάθε χρόνο στη χώρα για αναπτυξιακούς σκοπούς "ωφελούνται όλοι οι πολίτες της Ναμίμπια".
