Το χρώμα στα μάτια του κάθε ανθρώπου εξαρτάται από τη μελανίνη που έχει στην ίριδα των ματιών. Τα μπλε μάτιαοφείλονται στην έλλειψη μελανίνης ενώ τα σκούρα καστανάμάτια έχουν αρκετά μεγάλη ποσότητα.
Αυτός είναι και ο λόγος που συνήθως οι άνθρωποι με ανοιχτόχρωμη επιδερμίδα (έλλειψη μελανίνης) έχουν ανοιχτόχρωμα μάτια ενώ εκείνοι που έχουν σκουρόχρωμη επιδερμίδα έχουν περίσσεια μελανίνης και τις περισσότερες φορές και σκουρόχρωμα μάτια.
Η έλλειψη μελανίνης εξηγεί επίσης γιατί τα μωρά όταν γεννιούνται με ανοιχτόχρωμα μάτια (συνήθως μπλε) και μετά σκουραίνουν. Αυτό συμβαίνει γιατί αρχίζουν και παράγουν μελανίνη και έτσι σκουραίνει το χρώμα των ματιών τους.