Η σημαντικότερη διάταξη, που προκαλεί αντιδράσεις σε πρυτάνεις, είναι αυτή που ορίζει ότι παρέχεται η εξουσιοδότηση στην υπουργό Παιδείας έως ότου εκδοθεί ο Οργανισμός κάθε Ιδρύματος, «να ρυθμίσει τη διαδικασία ορισμού και ανάδειξης εκπροσώπων των καθηγητών, των φοιτητών και κάθε είδους προσωπικού στα συλλογικά όργανα των ιδρυμάτων, καθώς και τον τρόπο διεξαγωγής των εκλογικών διαδικασιών για την ανάδειξη των οργάνων αυτών, για την πρώτη εφαρμογή του ν.4009/2011 και έως την έκδοση των Οργανισμών και των Εσωτερικών Κανονισμών των ΑΕΙ».
Ορισμένοι πρυτάνεις θεωρούν ότι με αυτό τον τρόπο παρεμβαίνει το υπουργείο στην εσωτερική δομή των Ιδρυμάτων, κάτι που τους βρίσκει αντίθετους.
Πάντως, το υπουργείο Παιδείας ρυθμίζει και άλλα θέματα των Ιδρυμάτων, όπως είναι η διεξαγωγή των εκλογών για την ανάδειξη των καθηγητών-εσωτερικών μελών του Συμβουλίου κάθε ΑΕΙ με αριθμό των υποψηφίων που απαιτείται να είναι πάντα τουλάχιστον ίσος με τις εκλόγιμες θέσεις.
Στην αντίθετη περίπτωση, σύμφωνα με την τροπολογία, προβλέπεται ματαίωση των εκλογών και επαναπροκήρυξή τους μέσα σε επτά ημέρες από τη λήξη της προθεσμίας για την υποβολή υποψηφιοτήτων. Περαιτέρω, με την ίδια ρύθμιση και προκειμένου να διασφαλιστεί η συγκρότηση και λειτουργία των Συμβουλίων των ΑΕΙ, αίρεται κατ΄εξαίρεση ο περιορισμός των δύο εκπροσώπων ανά σχολή, στις περιπτώσεις που ο περιορισμός αυτός καθιστά αδύνατη την κάλυψη του συνόλου των εκλόγιμων θέσεων.
Σε ό,τι αφορά τις μεταπτυχιακές σπουδές, έως ότου ιδρυθεί σχολή ή σχολές τέτοιων σπουδών και να συγκροτηθούν τα αρμόδια όργανα, για τα υφιστάμενα προγράμματα σπουδών και την εκπόνηση διδακτορικών διατριβών, εξακολουθούν να εφαρμόζονται οι διατάξεις του προηγούμενου νόμου 3685 του 2008.
Σημειώνεται ότι από τις προτεινόμενες διατάξεις δεν προκαλείται δαπάνη σε βάρος του κρατικού προϋπολογισμού.
