Όσον αφορά στην κατάσταση που έχει δημιουργηθεί στην ανατολική Μεσόγειο, ο Μπαγίς δηλώνει ότι οι έρευνες της Κυπριακής Δημοκρατίας αποσκοπούν στο να επηρεάσουν την έκθεση προόδου της Ευρωπαϊκής Επιτροπής για την Τουρκία. Επίσης για την κυπριακή προεδρία της Ευρωπαϊκής Ένωσης το 2012, ο υπουργός επανέλαβε ότι η χώρα του επιθυμεί να δει την προεδρία του ενωμένου κράτους που θα δημιουργήσουν η τουρκική πλευρά και η ελληνική με βάση την αρχή της ισότητας.
Πρόσθεσε ακόμη πως «εάν οι ευρωπαίοι δώσουν την προεδρία στους ελληνοκυπρίους, που ισχυρίζονται ότι εκπροσωπούν ολόκληρο το νησί, η Τουρκία θα συνεχίσει τις σχέσεις με την Ε.Ε. και το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο. «Ωστόσο -συμπλήρωσε ο Μπαγίς- δεν μπορούμε να έχουμε σχέσεις με χώρα που δεν αναγνωρίζουμε».