"Τότε το γεωγραφικό ανάγλυφο, το κλίμα και η βλάστηση ήταν πολύ διαφορετικά από τα σημερινά", λέει η αρχαιολόγος Νένα Γαλανίδου. "Για να συλλάβουμε τη δυναμική των αλλαγών του προϊστορικού τοπίου πρέπει να λάβουμε υπόψιν τη μικρή απόσταση των νησιών από τις γειτονικές Λευκάδα και Αιτωλοακαρνανία, καθώς και τα μικρά βάθη της θάλασσας στην περιοχή αυτή. Οι μεταβολές της στάθμης της θάλασσας κατά τις παγετώδεις και μεσοπαγετώδεις περιόδους προκαλούσαν αντίστοιχα πότε την ένωση των νησιών με τις μεγάλες στεριές και πότε την απομόνωσή τους, επιτρέποντας άλλοτε την επικοινωνία των οργανισμών της χέρσου με τα νησιά και άλλοτε διακόπτοντάς τη, δημιουργώντας συνεχώς νέες συνθήκες".
Οι κοινότητες των κυνηγών τροφοσυλλεκτών προτιμούσαν την περιοχή λόγω της αφθονίας πυριτόλιθου, που χρησιμοποιούσαν για κατασκευή εργαλείων. Ταυτοχρόνως, έβρισκαν "φυσικά καταφύγια, μικρές και μεγαλύτερες κοιλάδες, υγρότοπους, πηγές νερού και θηράματα, που όλα μαζί και τηρουμένων των αναλογιών θα λέγαμε σήμερα ότι αποτελούσαν τους πλουτοπαραγωγικούς πόρους της Παλαιολιθικής Εποχής. Κρίνοντας από τους αριθμούς των λίθινων εργαλείων, θεωρούμε ότι οι παλαιολιθικές κοινότητες επέστρεφαν συχνά εδώ, ήταν με άλλα λόγια ένας αγαπημένος προορισμός στις εποχικές μετακινήσεις τους", μας λέει η αναπληρώτρια καθηγήτρια Προϊστορικής Αρχαιολογίας.
Η παρουσία προϊστορικών κοινοτήτων συνεχίζεται και στην επόμενη περίοδο, την Ανώτερη Παλαιολιθική Εποχή, όταν πλέον ο άνθρωπος του Νεάντερταλ έχει εξαφανιστεί και στην Ευρώπη ζουν μόνο ομάδες ανατομικά και βιολογικά σύγχρονων ανθρώπων, των Homo Sapiens, που εξακολουθούν να μετακινούνται εποχικά, να κυνηγούν και να συλλέγουν την τροφή τους. Εντοπίστηκε επίσης ένας πλούτος καταλοίπων της Εποχής του Χαλκού. Η προφορική παράδοση του τόπου, που τον θεωρεί κομβικό σημείο του χάρτη του μυκηναϊκού κόσμου, φαίνεται πως επαληθεύεται από τα πολύ σημαντικά ταφικά και οικιστικά κατάλοιπα.
Η επιφανειακή αρχαιολογική έρευνα στο Μεγανήσι είχε διάρκεια δύο ετών. Διενεργήθηκε από το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης σε συνεργασία με τη ΛΣΤ' ΕΠΚΑ υπό τη διεύθυνση της κ. Γαλανίδου. Από τη ΛΣΤ' ΕΠΚΑ τον συντονισμό είχε η έφορος Ολυμπία Βικάτου. Συμμετείχαν επίσης προπτυχιακοί και μεταπτυχιακοί φοιτητές Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης, καθώς και φοιτητές του Πανεπιστημίου του York. Η χρηματοδότηση προήλθε από το Πανεπιστήμιο Κρήτης και τον Δήμο Μεγανησίου.