Η εκδίκαση της υπόθεσης διεκόπη λόγω προβλήματος υγείας που αντιμετωπίζει ο δικηγόρος, Φραγκίσκος Ραγκούσης, ο οποίος εκπροσωπεί τους Χρήστο Τσάκαλο, Γιώργο και Μιχάλη Νικολόπουλο.
Για τον τέταρτο κατηγορούμενο, Νταμιάνο Μπολάνο, το δικαστήριο διόρισε αυτεπαγγέλτως δικηγόρους για να τον υπερασπιστούν.
Με την έναρξη της διαδικασίας οι κατηγορούμενοι θέλησαν να δώσουν το στίγμα της δίκης που θα ακολουθήσει, δηλώνοντας υπερήφανα μέλη των «Πυρήνων».
Ο Γ. Νικολόπουλος είπε απευθυνόμενος στους δικαστές: “είμαστε πολιτικά υποκείμενα, αντάρτες της πόλης, επίσημα εχθροί σας και έχουμε πόλεμο με το κράτος”. Τα μέλη της οργάνωσης κατηγορούνται για συμμετοχή σε δύο εκρήξεις στις οικίες της πρώην υπουργού Λούκας Κατσέλη και του πρώην υφυπουργού Παναγιώτη Χηνοφώτη, καθώς και για την έκρηξη στο υπουργείο Μακεδονίας - Θράκης.
