Υπάρχει όμως και ένα μεγάλο μυστήριο που συνδέεται με τους Τούρκους κομάντος που πήραν μέρος στην επιχείρηση κατάληψης της δεύτερης βραχονησίδας, εκείνη την βραδιά θρίλερ, της 29ης Ιανουαρίου του 1996.
Δυο χρόνια μετά την κρίση και συγκεκριμένα τον Μάιο του 1998, Τούρκοι κομάντος που είχαν πάρει μέρος σε εκείνη την επιχείρηση σκοτώνονται, όταν το ελικόπτερο που επέβαιναν έπεσε στην περιοχή της Μαρμαρίδας, από άγνωστη μέχρι σήμερα αιτία.
Μερικοί Τούρκοι δημοσιογράφοι είχαν γράψει τότε πώς το ελικόπτερο βλήθηκε από ελληνικό υποβρύχιο που θέλησε να εκδικηθεί την πτώση του ελληνικού ελικοπτέρου την τραγική νύχτα των Ίμια.
Αλλά η πραγματικότητα, αν ήταν έτσι, εξευτέλιζε την τουρκική άμυνα γιατί το ελικόπτερο έπεσε αρκετά μέσα στα τουρκικά χωρικά ύδατα και δεν μπορούσαν να παραδεχτούν πως είχε εισχωρήσει σε τέτοιο βάθος ελληνικό υποβρύχιο.
Έτσι το γεγονός αυτό γρήγορα «σκεπάστηκε» από την τουρκική πλευρά, χωρίς να δοθεί μεγάλη έκταση και καμία επίσημη τοποθέτηση, γεγονός που έδωσε λαβή σε πολλές μεταγενέστερες υποθέσεις.
Η αποκορύφωση όμως αυτού του μυστηρίου έρχεται πέντε χρόνια μετά τον θάνατο των Τούρκων κομάντος στην θάλασσα της Μαρμαρίδας. Τις πρώτες πρωινές ώρες της Τετάρτης, 7 Μαΐου 2003, σε κεντρικό μέρος της Κωνσταντινούπολης βρέθηκε νεκρός ένας Τούρκος αξιωματικός των καταδρομών. Ήταν ο Ζεκί Σεν, ο αρχηγός της ομάδας των Τούρκων κομάντος στην επιχείρηση κατάληψης της δεύτερης βραχονησίδας των Ιμια, το 1996.
Σύμφωνα με τις δημοσιογραφικές πληροφορίες των τουρκικών ΜΜΕ, ο Ζεκί Σεν, 34 χρονών, γύρω στις 03.30 μετά τα μεσάνυχτα και ενώ βρίσκονταν έξω από το κατάστημα McDonald's, στην κεντρική πλατεία Ταξίμ της Κωνσταντινούπολης, δέχτηκε επίθεση από δυο νεαρούς που χαρακτηρίστηκαν ναρκομανείς. Οι νεαροί του επιτέθηκαν με μαχαίρια και τον τραυμάτισαν θανάσιμα.
Ο Τούρκος αξιωματικός είχε γιορτάσει την προηγούμενη τα γενέθλια του και για τον λόγο αυτό είχε ξενυχτήσει και είχε πάει εκείνη την ώρα στην πλατεία Ταξίμ όπου δέχτηκε και την επίθεση.
Να σημειωθεί ότι ο Ζεκί Σεν ανήκε στις ειδικές μονάδος κομάντο της Τουρκίας που έχουν το όνομα «SAT» και θεωρούνταν ένα από τα επίλεκτα μέλη του σώματος Καταδρομών της Τουρκίας.
Το ερώτημα που αυτόματα γεννιέται, είναι πως ένας τέτοιος κομάντο και με τόσο μεγάλη στρατιωτική εκπαίδευση, έπεσε θύμα δυο νεαρών παιδιών, που όπως αναφέρουν οι πληροφορίες ήταν μεταξύ 16 και 17 ετών.