Όπως τονίζουν τα μέλη του Ινστιτούτου, το κοινωνικό και επιστημονικό έργο κινδυνεύει να συρρικνωθεί ή και να διακοπεί από τη μνημονιακή πολιτική της κυβέρνησης. Και αυτό επειδή δεν υπάρχει δυνατότητα να καλυφθούν οι κενές θέσεις που έχουν δημιουργηθεί κυρίως από τις συνταξιοδοτήσεις, ενώ και το κουρεμένο ποσό που δίδεται για τη λειτουργία του ίσα ίσα που καλύπτει τις βασικές ανάγκες.
Ενδεικτικά αναφέρουν ότι το 2011 έμεινε κενό το 16% των θέσεων ενώ για το 2012 και το 2013 υπολογίζεται ότι το ποσοστό θα φθάσει στο 30%.
Σήμερα μόλις 55 άτομα εργάζονται στο Ινστιτούτο Υγείας του παιδιού και καλύπτουν ανάγκες χιλιάδων παιδιών.
Η οικονομική κατάσταση του Ινστιτούτου ήταν ούτως ή άλλως το 2011 ελλειμματική, ενώ το 2012 αναμένεται να είναι επίσης δραματική.
Να σημειωθεί ότι μεταξύ άλλων οι επιστήμονες του Ινστιτούτου Υγείας του παιδιού παρέχουν ψυχοκοινωνικές υπηρεσίες ενώ διαγιγνώσκουν και δεκάδες ασθένειες εργαστηριακά κάθε χρόνο σε παιδιά.
