Τα τελωνεία που κλείνουν βρίσκονται κυρίως κοντά στα σύνορα της χώρας και σε ακριτικά νησιά όπως στην Χάλκη, στην Αστυπάλαια, στην Ηγουμενίτσα (Σαγιάδα, Αμπελώνας) και στη Σιάτιστα Καστοριάς. Τα υπόλοιπα τελωνεία που κλείνουν είναι: Οι ελεγκτικές υπηρεσίες τελωνείων Πάτρας και τα τελωνεία Μεσολογγίου, Αμφιλοχίας, Ωρωπού, Κοιλάδας (Ναύπλιο), Τρίπολης, Λεωνιδίου, Θηβών, Τήλου, Κάσου Σαμοθράκης, Αλιβερίου, Κύμης, Σκύρου, Καρύστου, Κατακώλου, Τυμπακίου, Νέας Μηχανιώνας, Πύργου, Ελευθερών (Καβάλας), Θάσου, Καρδίτσας, Παξών, Ιθάκης, Σάμης, Αγίων Θεοδώρων και Σικυώνος (Κόρινθος).
Επίσης, αναστέλλεται η λειτουργία στα τελωνεία Γαυρίου (Άνδρος), Τήνου, Κέας, Φολεγάνδρου, Κύθνου, Σερίφου, Σίφνου, Μονεμβασίας, Ιεράπετρας, Καλλονής και Μολύβου (Μυτιλήνη), Αγίου Ευστρατίου (Λήμνος), Νυδριού (Λευκάδα), Τσιγκελίου Αλμυρού, Σκοπέλου, Αλονήσου, Μηλίνας (Βόλος), Πύλου, Πόρτο – Λάγος (Ξάνθη), Σαλαμίνας, Βουλιαγμένης, Πάργας, Καρλοβασίου και Πυθαγορείου (Σάμος), Αταλάντης, Αγίου Κωνσταντίνου, Όρμου Μονής Βατοπαιδίου, Γερακινής, Ουρανούπολης, Πόρτο – Κουφού, Σάρτης, Νέας Καλλικράτειας, Νέας Σκιώνης, Ιερισσού, Κισσάμου, Παλαιοχώρας, Χώρας Σφακίων, Οινουσών, Παλαιών Ψαρών και Βολίσσου (Χίος).
