Σε περίπτωση υπέρβασης του ορίου εκπομπών, που ορίζεται από τα πιστοποιητικά, θα πρέπει να καταβάλλεται πρόσθετος φόρος. Το συνολικό όριο εκπομπής ρύπων θα καθορίζεται σε ετήσια βάση από την Κομισιόν και βάσει αυτού θα εκδίδονται σχετικά πιστοποιητικά, τα οποία θα αποκτούν οι αεροπορικές εταιρίες.
Το 82% των πιστοποιητικών παραδίδονται στις εταιρίες δωρεάν, το 15% μπορούν να αποκτηθούν μέσω πλειοδοτικού διαγωνισμού, ενώ το υπόλοιπο 3% παρακρατείται για να διαμοιραστεί ενδεχομένως σε νέες αεροπορικές εταιρίες.
Η νέα οδηγία της Κομισιόν αποσκοπεί στον περιορισμό των επικίνδυνων ρύπων στην ατμόσφαιρα. Η υπέρβαση των ορίων προβλέπει πρόστιμα 100 ευρώ για κάθε επιπλέον τόνο CO2 και μπορεί να φτάσει έως και την απαγόρευση πτήσης των παραβατών. Η αυστηρότητα του μέτρου εξηγείται από το γεγονός ότι από το 1990 οι εκπομπές ρύπων από τα αεροσκάφη στην ΕΕ έχουν σχεδόν διπλασιαστεί.
Η απόφαση της Κομισιόν χαιρετίστηκε από τις περιβαλλοντικές οργανώσεις. Αντιθέτως, οι επιβάτες εκφράζουν φόβους ότι οι νέοι φόροι θα μετακυλήσουν στις τιμές των αεροπορικών εισιτηρίων. Το μεγαλύτερο κύμα αντιδράσεων όμως εκφράστηκε από χώρες εκτός ΕΕ, κυρίως τις ΗΠΑ την Κίνα και την Ρωσία.
Αυτές κατηγορούν την ΕΕ ότι προχώρησε σε μονομερή εφαρμογή των νέων ρυθμίσεων για τις εκπομπές διοξειδίου στην ευρωπαϊκή επικράτεια και θεωρούν ότι δε δεσμεύονται από αυτές. Η αεροπορική κοινότητα της Κίνας (CAAC) απαγόρευσε στις εγχώριες αεροπορικές εταιρίες να καταβάλλουν χρήματα στο πλαίσιο εμπορικής εκμετάλλευσης των εκπομπών ρύπων. Λέγεται μάλιστα ότι η Κίνα απείλησε στο παρασκήνιο ότι θα αποσύρει τις παραγγελίες δισεκατομμυρίων προς την γερμανογαλλική εταιρία κατασκευής αεροσκαφών Airbus.
Στις Βρυξέλλες διαφαίνεται διάθεση υποχώρησης. Το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο είχε ωστόσο αποφασίσει τον περασμένο Δεκέμβριο ότι η οδηγία της Κομισιόν δεν παραβιάζει τις διεθνείς πρακτικές, αλλά ούτε και τη λεγόμενη συνθήκη Open Skies, μεταξύ ΗΠΑ και ΕΕ για ελεύθερη αγορά στις αερομεταφορές. Η διαμάχη κινείται τώρα σε μία γκρίζα νομική ζώνη, καθώς δεν υπάρχει ένα Διεθνές Δικαστήριο ή Διαιτητικό Δικαστήριο, το οποίο να μπορεί να εκδώσει μία απόφαση με δεσμευτικό περιεχόμενο για το συγκεκριμένο ζήτημα.
Ενδεχόμενη εξαίρεση κάποιων χωρών από τη συγκεκριμένη οδηγία όμως, βρίσκει αντίθετες τις ευρωπαϊκές αεροπορικές εταιρίες, οι οποίες έχουν ήδη προαναγγείλει την έντονη διαμαρτυρία τους. Αιτία είναι ότι μία τέτοια εξαίρεση θα έπληττε τις αρχές του υγιούς ανταγωνισμού.
Ωστόσο το θέμα αναμένεται να ξεκαθαριστεί οριστικά στις αρχές του επόμενου χρόνου. Τότε αναμένεται να δηλώσουν τις ποσότητες εκπομπών των αεροσκαφών τους, βάσει των οποίων θα υπολογιστεί το ποσό που πρέπει να καταβάλει η καθεμία.
