Σκοπός του εν λόγω Μνημονίου είναι η καθιέρωση μίας συστηματικής διαχρονικής συνεργασίας ανάμεσα στο Πολεμικό Ναυτικό και το Λιμενικό Σώμα – Ελληνική Ακτοφυλακή, η οποία στοχεύει στην σύγκλιση των ενεργειών των δύο φορέων σε μία κοινή συνισταμένη, χωρίς όμως να επηρεάζονται οι επί μέρους αρμοδιότητές τους όπως αυτές απορρέουν από την κείμενη νομοθεσία.
Ενδεικτικά η προβλεπόμενη συνεργασία εστιάζεται κυρίως σε θέματα Επιχειρησιακής Δραστηριότητας, Διοικητικής μέριμνας του Προσωπικού, Τεχνικής Υποστήριξης των Πλωτών Μέσων, Ανταλλαγής Πληροφοριών και Εφοδιασμού - Προμηθειών.