Το προστατευόμενο δέλτα του Αχέροντα απειλείται άμεσα με εξαφάνιση, από μεγάλα αποστραγγιστικά έργα. Το αποστραγγιστικό – αρδευτικό έργο Βαθυπέδου Αμμουδιάς και Βαλανιδορράχης έκτασης περίπου 7.000 στρεμμάτων έχει ήδη ξεκινήσει.
Το έργο περιλαμβάνει, ανάμεσα σε άλλα, την κατασκευή αποστραγγιστικής σήραγγας μήκους 280 μ. με στόχο την «εξυγίανση» του όρμου της Αμμουδιάς η οποία θα έχει ως αποτέλεσμα την εξαφάνιση σημαντικών ελών που αναπτύσσονται στα χαμηλότερα μέρη του δέλτα.
Οι περιβαλλοντικοί όροι που έχουν τεθεί για την υλοποίηση του έργου αποτελούν μόνο ένα φτωχό περιβαλλοντικό άλλοθι, αφού δεν διασφαλίζουν ούτε καν την ακεραιότητα των ελάχιστων υγροτοπικών εκτάσεων που θα επιβιώσουν μετά την ολοκλήρωση των έργων αποξήρανσης. Αντίθετα, εγγυώνται την απώλεια προστατευόμενων ειδών και σημαντικών βιοτόπων και την καταστροφή ενός τοπίου υπερτοπικής οικοτουριστικής και πολιτισμικής αξίας.
Κι όλα αυτά τη στιγμή που η περιβαλλοντική αξία της περιοχής είναι αναγνωρισμένη, καθώς έχει ενταχθεί στο Δίκτυο NATURA 2000 (ως Τόπος Κοινοτικής Σημασίας, GR2140001) και έχει θεσμοθετηθεί ως Περιοχή Προστασίας της Φύσης με Περιφερειακές Ζώνες. Επίσης έχει χαρακτηριστεί ως περιοχή ΖΕΠ (GR2120008) λόγω της σημαντικότητάς της για τα πουλιά κατά τη εαρινή και φθινοπωρινή μεταναστευτική περίοδο, καθώς και επειδή σε αυτή φωλιάζουν είδη πουλιών σημαντικά όχι μόνο σε εθνικό, αλλά και διεθνές επίπεδο.
Η περιοχή ξεχωρίζει ειδικά για την ιχθυοπανίδα της, καθώς φιλοξενεί 11 ιθαγενή είδη ψαριών του γλυκού νερού, μερικά από αυτά εξαιρετικά σπάνια και αυστηρώς προστατευόμενα, όπως ο ζουρνάς και ο αχερονογωβιός, το δεύτερο αποκλειστικά ενδημικό του Αχέροντα. Ακόμη, λόγω του φυσικού και πολιτισμικού πλούτου της η περιοχή προσελκύει μεγάλο αριθμό επισκεπτών.
Στο πλαίσιο αυτό, αποκτούν ιδιαίτερη βαρύτητα οι πάμπολλες επιστημονικές ελλείψεις της Μελέτης Περιβαλλοντικών Επιπτώσεων (ΜΠΕ) και οι νομικές πλημμέλειες τόσο της πράξης έγκρισης περιβαλλοντικών όρων, όσο και της γενικότερης διαδικασίας, που ακολουθείται για την προώθηση του έργου.
Οι περιβαλλοντικές οργανώσεις Ελληνική Εταιρία Προστασίας της Φύσης, Ελληνική Εταιρία Περιβάλλοντος και Πολιτισμού, Ελληνική Ορνιθολογική Εταιρία, ΚΑΛΛΙΣΤΩ, Δίκτυο Μεσόγειος SOS, Αρχέλων και MOm είναι αντίθετες στη εκτέλεση ενός αποστραγγιστικού έργου μεγάλης κλίμακας, σε μία διεθνώς προστατευόμενη περιοχή, με οικολογική, αισθητική και οικονομική αξία, βάσει μίας ΜΠΕ με αμφίβολη επιστημονική τεκμηρίωση.
Στην περιοχή απαιτείται μια συνολική διαχείριση των υδάτων, σύμφωνα με τις επιταγές της Οδηγίας – Πλαίσιο για το Νερό, που θα λάβει υπ΄ όψιν τις ιδιαιτερότητες και τη μοναδικότητα του χώρου, και θα στοχεύει, όχι στην απόδοση εδαφών για καλλιέργεια ή οικιστική/τουριστική αξιοποίηση, αλλά στην αντιμετώπιση των σύνθετων προβλημάτων που υπάρχουν εκεί, όπως, για παράδειγμα, η σημαντική ρύπανση των υδάτων του Αχέροντα.
