Προηγουμένως, η δικογραφία είχε διαβιβαστεί στον Άρειο Πάγο από την εισαγγελέα Πρωτοδικών Πόπη Παπανδρέου, η οποία διενήργησε σχετική προκαταρκτική έρευνα κατόπιν σχετικών δημοσιευμάτων του Τύπου (Ιούνιος 2007) και καταγγελίες του τότε βουλευτή του ΠΑΣΟΚ και νυν υφυπουργού Διοικητικής Μεταρρύθμισης Ντίνου Ρόβλια.
Η έρευνα της Π. Παπανδρέου «σκόνταψε» όμως σε πολιτικά πρόσωπα και για το λόγο αυτό διαβίβασε τη δικογραφία στον Άρειο Πάγο, ενώ συνεχίζει την έρευνά της για 20 μη πολιτικά πρόσωπα, τα οποία φέρονται να έχουν ανάμειξη στην υπογραφή των επίμαχων συμβάσεων και σύντομα θα κληθούν να δώσουν εξηγήσεις ως ύποπτοι.
Η δικογραφία που θα ερευνήσει η Βουλή για να αποφασίσει εάν υπάρχουν ή όχι ευθύνες του Μ. Λιάπη, αφορούν τις εξής συμβάσεις:
1) Την αλλαγή, το Μάιο του 2007, των προδιαγραφών για την προμήθεια τροχαίου υλικού του ΟΣΕ. Ειδικότερα, από τον Ιούλιο του 2006, είχε εγκριθεί ομόφωνα από την αρμόδια διακομματική επιτροπή της Βουλής το πρόγραμμα προμήθειας τροχαίου υλικού του ΟΣΕ. Παρότι είχε περάσει ένας χρόνος, δεν είχε ξεκινήσει η διαγωνιστική διαδικασία. Παρ' όλα αυτά, στο διάστημα αυτό, η διοίκηση του ΟΣΕ είχε προσπαθήσει δύο φορές να τροποποιήσει τις ήδη εγκεκριμένες προδιαγραφές συγκεκριμένων μηχανών, μειώνοντας προς τα κάτω τη μέγιστη ταχύτητά τους από τα 160 χλμ την ώρα στα 120 χλμ.
2) Την ενοικίαση από τον ΟΣΕ στις 4.4.2007 οκτώ συρμών (τύπου desiro classic) για τον προαστιακό σιδηρόδρομο, τους οποίους είχε παραδώσει στον ΟΣΕ η κατασκευάστρια κοινοπραξία Siemens - Ελληνικά Ναυπηγεία Α.Ε. ως αντιστάθμισμα για τη μη έγκαιρη παράδοση τροχαίου υλικού.
Συγκεκριμένα, η σύμβαση αυτή αφορά την ενοικίαση οκτώ τρένων Desiro για τον προαστιακό σιδηρόδρομο, με τίμημα ένα εκατομμύριο ευρώ το μήνα και για διάστημα οκτώ μηνών. Oι ίδιες αυτοκινητάμαξες είχαν παραχωρηθεί δωρεάν στον OΣE από την κοινοπραξία Siemens - Nαυπηγεία Σκαραμαγκά, από το 2004 μέχρι και το Φεβρουάριο του 2006, ως ρήτρα για τη μη έγκαιρη παράδοση του καινούργιου τροχαίου υλικού. Το υπόλοιπο των ρητρών που εξακολουθούσε να χρωστά η κοινοπραξία Siemens - Nαυπηγεία Σκαραμαγκά προς τον ΟΣΕ, ανερχόταν στο ποσό των 8,343 εκατ. ευρώ. Με το ποσό αυτό τα οκτώ τρένα θα μπορούσαν να παραμείνουν χωρίς καμία επιβάρυνση στη διάθεση του Οργανισμού για άλλους 78 μήνες. Αλλά η διοίκηση του OΣE αποφάσισε να τα ενοικιάσει.
3) Η καθυστερημένη παράδοση (21.9.2005) των αυτόματων πωλητών εισιτηρίων (ολοκληρωμένο πληροφοριακό σύστημα διαχείρισης επιβατικών μεταφορών του ΟΣΕ), για την οποία δεν ενεργοποιήθηκαν οι προβλεπόμενες ποινικές ρήτρες.
4) Το διαγωνισμό για την παροχή υπηρεσιών φύλαξης (security) με ανθρώπινο δυναμικό των εγκαταστάσεων του ΟΣΕ. Αναλυτικότερα, οι πρώτες προσπάθειες για την είσοδο κοινοπραξίας ιδιωτικών εταιρειών security στον ΟΣΕ ξεκίνησαν τον Αύγουστο του 2005. Οι σχετικοί διαγωνισμοί προέβλεπαν την πρόσληψη περίπου 1.800 υπαλλήλων security για διάστημα τριών χρόνων, έναντι συνολικής δαπάνης ύψους 21 εκατ. ευρώ. Τελικά, στις αρχές του 2007 έγινε γνωστός ο διαγωνισμός για τις υπηρεσίες φύλαξης των εγκαταστάσεων του Οργανισμού, για χρονικό διάστημα δύο ετών, προϋπολογισμού ύψους 6.098.400 ευρώ.
