μωσαϊκό υγροτόπων από τα σημαντικότερα της Ευρώπης, με πολλές αξίες για τον άνθρωπο.
Στις όχθες του, σε πυκνή βλάστηση, ζουν η αλεπού, το τσακάλι, ο ασβός, το κουνάβι, η νυφίτσα, ο λαγός, η αγριόγατα και συχνά εμφανίζονται στα αναχώματά του λαγόγυροι και μυοκάστορες. Το σημαντικότερο όμως στοιχείο της πανίδας αυτού του υδροβιότοπου είναι τα πουλιά. Έχουν καταγραφεί διακόσια δεκαπέντε (215) είδη που φωλιάζουν, ξεχειμωνιάζουν ή σταθμεύουν κατά τη μετανάστευσή τους. Οι ερωδιοί είναι τα πιο χαρακτηριστικά από τα είδη αυτά. ’λλα είδη είναι οι λευκοτσικνιάδες, νυχτοκόρακες, χουλιαρομύτες και χαλκόκοτες (που κινδυνεύουν να εξαφανιστούν), κορμοράνοι, γλαρόνια, θαλασσοσφυριχτές, δώδεκα είδη πάπιας, χήνες, αρπακτικά πουλιά, κ.ά. Δύο άλλα είδη πουλιών που κινδυνεύουν να εξαφανιστούν είναι ο αργυροπελεκάνος και η λεπτομύτα.
Επίσης στον Αλιάκμονα υπάρχουν τριάντα τρία είδη ψαριών του γλυκού νερού, όπως το ενδημικό μαυροτσιρώνι (Rutilus Macedonicus), καθώς και βατράχια, νεροχελώνες, νερόφιδα, ενώ στο δέλτα του ζουν λαβράκια, κέφαλοι, χέλια κ.α.
Η ανάμιξη του γλυκού με το αλμυρό νερό ευνοεί την ανάπτυξη των οστρακοκαλλιεργειών και κυρίως της μυδοκαλλιέργειας η οποία στην περιοχή αυτή αντιπροσωπεύει το 90% περίπου της συνολικής παραγωγής στην Ελλάδα. Περισσότερα από πεντακόσια (500) διαφορετικά είδη φυτών κοσμούν την περιοχή με τα χρώματα και τα αρώματά τους. Από τα πιο χαρακτηριστικά είναι ο κρίνος της θάλασσας (Pancratium maritimum), το κομπόχορτο (Ephedra distachya), η σαλβίνια (Salvinia natans), η αζόλη (Azolla filiculoides), κ.α.
Τα υλικά που εξακολουθεί να εναποθέτει ο ποταμός στο Δέλτα του, δημιουργούν μικρές αβαθείς λιμνοθάλασσες και αμμονησίδες. Πλούσια ενδημική βλάστηση καλύπτεται από θάμνους, στο περιβάλλον των οποίων αναπτύσσονται πάρα πολλά είδη ενδημικών εντόμων. Ψηλά δένδρα, όπως φτελιές, σκλήθρα, ιτιές, κ.ά., αποτελούν ιδανικό χώρο φωλεοποίησης για ερωδιούς και αρπακτικά πουλιά. Το έλος της Αγαθούπολης αποτελεί επί μέρους υγρότοπο του Δέλτα. Είναι ένα από τα πιο ενδιαφέροντα τμήματά του με την ευκολότερη πρόσβαση και έχει δημιουργηθεί από τα φερτά υλικά του Αλιάκμονα. Στο έλος υπάρχουν όλα τα είδη πτηνών που παρατηρούνται στο Δέλτα. Ευνοούνται όμως τα υδροβατικά είδη (φοινικόπτερα, χουλιαρομύτες, ερωδιοί) που βρίσκουν τροφή στα ρηχά νερά. Τον χειμώνα συγκεντρώνονται χιλιάδες υδρόβια πτηνά, όπως παπιά, χήνες, κύκνοι και βουτηχτάρια. Στις λασπώδεις εκτάσεις του φωλιάζει ο καλαμοκανάς.
Στη Νέα Αγαθούπολη βρίσκεται το θεματικό περίπτερο του υγρότοπου του δέλτα του Αλιάκμονα και της Αλυκής Κίτρους. Ο χώρος αυτός λειτουργεί στα πλαίσια της Προγραμματικής Σύμβασης για την προστασία και ανάδειξη της περιοχής Δέλτα Αξιού, Λουδία, Αλιάκμονα, Γαλλικού και Αλυκής Κίτρους. Σκοπός της λειτουργίας του περιπτέρου είναι η ενημέρωση και ευαισθητοποίηση των αρμόδιων φορέων και του κοινού για την ανεκτίμητη οικολογική αξία της περιοχής. Με βάση αυτό το περίπτερο οργανώνονται επισκέψεις στο έλος της Αγαθούπολης, στο υπόλοιπο τμήμα του Δέλτα, αλλά και στην Αλυκή Κίτρους.
