Έτσι οι φορολογούμενοι που δεν επιθυμούν να μεταφερθεί το πιστωτικό υπόλοιπο που προκύπτει από την υποβολή περιοδικών ή εκκαθαριστικών δηλώσεων ΦΠΑ για συμψηφισμό στην επόμενη φορολογική ή διαχειριστική περίοδο θα πρέπει να καταθέσουν αίτηση.
Με την απόφαση του Παντελή Οικονόμου η διαδικασία για την επιστροφή ΦΠΑ θα γίνεται ως εξής:
1. Ο υποκείμενος στο φόρο υποβάλλει αίτηση επιστροφής ηλεκτρονικά μέσω του ειδικού συστήματος TAXISnet.
2. Η υλοποίηση της επιστροφής ενεργείται αυστηρά κατά προτεραιότητα με κριτήριο το χρόνο υποβολής της αίτησης επιστροφής.
3. H Γενική Γραμματεία Πληροφοριακών Συστημάτων (ΓΓΠΣ), μέχρι τη 15η ημέρα του μήνα που ακολουθεί το μήνα εντός του οποίου υποβάλλεται η αίτηση επιστροφής, πραγματοποιεί ηλεκτρονική επεξεργασία διαθέσιμων στοιχείων, σχετικά με τη συμμόρφωση των υποκείμενων στο φόρο και τη συμφωνία των αιτούμενων προς επιστροφή ποσών με τα δεδομένα των υποβαλλόμενων δηλώσεων, χρησιμοποιώντας μέθοδο ανάλυσης κινδύνου και αποστέλλει στις αρμόδιες Δ.Ο.Υ. ηλεκτρονικό αρχείο με αιτήσεις για τις οποίες η επιστροφή πρέπει να πραγματοποιηθεί κατόπιν διενέργειας προσωρινού ελέγχου. Στο αρχείο αυτό περιλαμβάνονται σε κάθε περίπτωση και οι αιτήσεις για τις οποίες το προς επιστροφή ποσό είναι ίσο ή ανώτερο των 100.000 ευρώ.
4. Οι αρμόδιες Δ.Ο.Υ. υποχρεούνται:
α) Να πραγματοποιήσουν την επιστροφή για όσες αιτήσεις επιστροφής δεν απαιτείται προσωρινός έλεγχος εντός δέκα πέντε (15) ημερών από την παραλαβή του αρχείου, σύμφωνα με το άρθρο 2 της παρούσας και στη συνέχεια ενημερώνουν τη ΓΓΠΣ, απολογιστικά.
β) Να διενεργήσουν προσωρινό έλεγχο για τις αιτήσεις επιστροφής που απαιτείται το αργότερο εντός δύο (2) μηνών από την παραλαβή του αρχείου.
γ) Στην περίπτωση που από τον ανωτέρω προσωρινό έλεγχο κριθεί απαραίτητο, διενεργείται τακτικός έλεγχος, ο οποίος ολοκληρώνεται εντός πέντε (5) μηνών από την υποβολή της αίτησης επιστροφής, εκτός από την περίπτωση που η αίτηση επιστροφής αφορά φορολογική περίοδο για την οποία δεν έχει παρέλθει η προθεσμία υποβολής της δήλωσης φορολογίας εισοδήματος, οπότε ο έλεγχος ολοκληρώνεται εντός πέντε (5) μηνών από τη λήξη της προθεσμίας υποβολής της δήλωσης φορολογίας εισοδήματος.
Το σχετικό ΑΦΕΚ εκδίδεται το αργότερο εντός μηνός από την ολοκλήρωση των ανωτέρω ελέγχων (προσωρινού ή τακτικού).
δ) Οι Δ.Ο.Υ. αποστέλλουν στη Γ.Δ.Φ.Ε. & Ε μέσω της ΓΓΠΣ κατάλογο των περιπτώσεων για τις οποίες κρίθηκε απαραίτητος ο τακτικός έλεγχος με αιτιολόγηση της απόφασης αυτής.
5. Ανάλογη με τα ανωτέρω διαδικασία ακολουθείται για αιτήσεις επιστροφής που εκκρεμούν ή που θα υποβληθούν μέχρι την ολοκλήρωση της ανωτέρω διαδικασίας.
6. Σε κάθε περίπτωση, μετά τη λήξη της διαχειριστικής περιόδου, από τους δικαιούχους που έτυχαν επιστροφής χωρίς έλεγχο, επιλέγεται δείγμα, για τη διενέργεια ελέγχου.
