- Παράνομες χωματερές. Η Ελλάδα έχει ήδη καταδικαστεί από το 2005 και οδεύει προς δεύτερη καταδίκη και πρόστιμο, που θα συναρτάται από τον αριθμό των παράνομων χωματερών.
- Επικίνδυνα απόβλητα. Η Ελλάδα καταδικάστηκε στα τέλη του 2009 για τον τρόπο διαχείρισής τους. Θα έπρεπε ήδη να έχει καταθέσει δεσμευτικό χρονοδιάγραμμα μέτρων.
- Θριάσιο Πεδίο. Καταδίκη το 2004 για την έλλειψη βιολογικού καθαρισμού. Η υπόθεση οδεύει προς δεύτερη καταδίκη (και πρόστιμο) καθώς τα έργα δεν έχουν ακόμα ολοκληρωθεί, ενώ η Ελλάδα ζήτησε παράταση έως τα τέλη του 2010. Ωστόσο υπάρχει νομολογία του Ευρωδικαστηρίου, σύμφωνα με την οποία τρία χρόνια είναι αρκετά για την ολοκλήρωση ανάλογων έργων.
- Βιολογικοί καθαρισμοί. Η Ελλάδα έχει καταδικαστεί ήδη το 2007 για την απουσία βιολογικών καθαρισμών σε μεγάλες πόλεις και η προθεσμία συμμόρφωσης λήγει τον Οκτώβριο του 2010. Οι δήμοι που υπολείπονται είναι οι: Ραφήνα, Αρτέμιδα, Κορωπί, Νέα Μάκρη, Μαρκόπουλο. Οι πρώτοι τρεις έχουν χρονοδιάγραμμα αποπεράτωσης το 2011, ενώ Μαρκόπουλο και Ν. Μάκρη το 2012.
- Ελλιπής καθορισμός ειδικών ζωνών για τα πτηνά (ΖΕΠ). Η παραβίαση έχει τρεις πτυχές: ανεπαρκής αριθμός περιοχών (καθορίστηκαν 67, απομένουν 32), έλλειψη περιοχής προστασίας του είδους Sitta Krueperi (τουρκοτσομπανάκος) και ανεπαρκής αντιπροσώπευση 11 ειδών πτηνών στις ΖΕΠ. Η Ελλάδα έχει καταδικαστεί πρωτοδίκως το 2007. Επιπλέον εκκρεμεί και δεύτερη υπόθεση, αυτή τη φορά για το ελλιπές νομικό καθεστώς προστασίας των ΖΕΠ που έχουν καθοριστεί. Για το θέμα αυτό η Ελλάδα καταδικάστηκε το 2008.
Άλλες περιπτώσεις παραβίασης της ευρωπαϊκής περιβαλλοντικής νομοθεσίας βρίσκονται σε διάφορα στάδια εξέλιξης.
- Ατμοσφαιρικός αέρας. Η Ελλάδα παραπέμφθηκε στο Ευρωδικαστήριο για πλημμελή εφαρμογή της οδηγίας για τον ολοκληρωμένο έλεγχο και την πρόληψη της ρύπανσης.
- Καϊάφας. Έχει σταλεί αιτιολογημένη γνώμη για τη σχεδιαζόμενη διέλευση αυτοκινητόδρομου μέσα από τον -πληγέντα από τις πυρκαγιές του 2007- βιότοπο. Η Ελλάδα πρέπει εντός του μηνός να παρουσιάσει εναλλακτικές λύσεις.
- Ασωπός. Η Επιτροπή αναμένει την υποβολή μελέτης για την παρακολούθηση της περιοχής, προκειμένου να αποφασίσει αν θα ξεκινήσει προδικαστική διαδικασία.
- Αχελώος. Υπήρξε αλληλογραφία με τις ελληνικές αρχές, αλλά η υπόθεση έχει παγώσει μετά την πρωτοβουλία του ΣτΕ να αποστείλει προδικαστικά ερωτήματα στο Ευρωδικαστήριο.
