Κατά το τρέχον ακαδημαϊκό έτος εισήχθησαν 1.596 νέοι φοιτητές αντί των 1.115 που είχαν προτείνει τα τμήματα του ιδρύματος.
Για το επόμενο ακαδημαϊκό έτος 2012 – 13 ο μέγιστος αριθμός φοιτητών που ζήτησαν τα τμήματα του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας και θα μπορούσαν να εκπαιδεύσουν με επάρκεια είναι 1.170.
Παρά τη γνώμη των τμημάτων και παρά τη δραματική μείωση του τακτικού προϋπολογισμού, το υπουργείο Παιδείας Δια Βίου Μάθησης και Θρησκευμάτων αποφάσισε την εισαγωγή 712 φοιτητών – ήτοι στο σύνολο 1.882 – εις βάρος της ποιότητας διδασκαλίας και της εκπαίδευσης των φοιτητών.
