Επιστήμονες από την Ελλάδα, την ΠΓΔΜ και την Αλβανία βρέθηκαν στο Κέντρο Πληροφόρησης του Φορέα Διαχείρισης Πάρκου Πρεσπών στη Φλώρινα, μετά από πρόσκληση της Εταιρείας Προστασίας Πρεσπών και συζήτησαν για τα ψάρια και την αλιεία στη λεκάνη των λιμνών.
Ο εμπλουτισμός των Πρεσπών με γόνο γριβαδιού έφερε στην επιφάνεια ένα πολύ σοβαρό πρόβλημα που δημιουργήθηκε τα τελευταία χρόνια με την εισβολή ξενικών ειδών, τα οποία προκαλούν καταστροφή στην ιχθυοπανίδα. Ο γόνος αποτελείται από πολύ μικρά ιχθύδια, μέσα στα οποία υπάρχουν και άλλα είδη, ξένα προς το οικοσύστημα της περιοχής.
Στις Πρέσπες έχουν παρατηρηθεί 12 ξενικά είδη, σημαντικότερα από τα οποία είναι η πεταλούδα και η ψευτορασμπόρα, που προέρχονται από την Ασία, καθώς και το ηλιόχαρο από τη Β. Αμερική. Τα είδη αυτά τρώνε τα αβγά των ψαριών και μειώνουν τον πληθυσμό τους.
23 είδη
Στη Μικρή και στη Μεγάλη Πρέσπα ζουν 23 είδη ψαριών, από τα οποία τα 9 είναι ενδημικά, βρίσκονται δηλαδή μόνο εκεί και πουθενά αλλού στον κόσμο, γι' αυτό και προστατεύονται από την ελληνική και την ευρωπαϊκή νομοθεσία.
Από τα πλέον τρωτά είδη είναι η πέστροφα των Πρεσπών που εντοπίζεται στο ποτάμι του Αγίου Γερμανού και σε άλλα τρία ποτάμια της ΠΓΔΜ. Τα τελευταία χρόνια ο πληθυσμός της υπολογίζεται μόλις σε λίγες χιλιάδες άτομα. Άλλα είδη είναι η μπράνα, η πλατίκα, το τσιρόνι, το σκουμπούζι, ο κέφαλος, το τσιρονάκι, η βρυγοβελονίτσα και η τσίμα.
Η λαθραλιεία, η εντατική γεωργία, η ρύπανση των νερών από τη χρήση φυτοφαρμάκων, τα λύματα και την κακή λειτουργία βιολογικών καθαρισμών, είναι οι σημαντικότερες απειλές για την μοναδική και πλούσια ιχθυοπανίδα.