Απαντώντας έμμεσα σε παρατηρήσεις που έκανε ο Οικουμενικός Πατριάρχης Βαρθολομαίος για την «εξάντληση της υπομονής» στο θέμα της επαναλειτουργίας της Σχολής, ο Μπαγίς είπε ότι «το θέμα της επαναλειτουργίας της Θεολογικής Σχολής συζητείται ουσιαστικά», αλλά έκανε ορισμένες παρατηρήσεις για την κατάσταση των ανθρωπίνων δικαιωμάτων στη Δυτική Θράκη.
«Έως τώρα, η κυβέρνηση ισχυριζόταν ότι η κοινή γνώμη και τα κόμματα της αντιπολίτευσης δεν επέτρεπαν την επαναλειτουργία της Σχολής» είπε ο Πατριάρχης σε συνάντησή του με Τούρκους δημοσιογράφους, την περασμένη Κυριακή, και πρόσθεσε: «Τώρα, δεν υπάρχουν ορατές αντιδράσεις στην επαναλειτουργία της Θεολογικής Σχολής».
«Πληρώνουμε το τίμημα της Κύπρου καθώς και, σύμφωνα με τα όσα ισχυρίζονται, αδικοπραγίες κατά των μουσουλμάνων στη Δυτική Θράκη, στην Ελλάδα. Τώρα, ο πρωθυπουργός Ερντογάν μιλά για το τζαμί στην Αθήνα. Δεν έχω καμία αντίρρηση γι αυτό, αλλά δεν έχω και καμία αρμοδιότητα επ' αυτού του θέματος» φέρεται, σύμφωνα με δημοσιεύματα στον τουρκικό Τύπο, να είπε ο Οικουμενικός Πατριάρχης.
Ο Μπαγίς υπογράμμισε πως έχει επίγνωση της ανάγκης που αισθάνονται οι «περίπου 2.800 Ρωμιοί πολίτες, που ζουν στην Τουρκία, να γίνονται οι βαφτίσεις τους και οι κηδείες τους από θρησκευτικούς παράγοντες, οι οποίοι κατέχουν θεολογικές γνώσεις» και σημείωσε: « Η κυβέρνησή μας, πιστεύοντας ότι ο σεβασμός στην ελευθερία της συνείδησης θα πρέπει να είναι παγκόσμια αξία, θα συνεχίσει να εργάζεται και για τα δικαιώματα των Τούρκων της Δυτικής Θράκης».
Τέλος επανέλαβε ότι τα δικαιώματα των Ρωμιών πολιτών δεν εξαρτώνται από την αρχή της αμοιβαιότητας, αλλά θα έπρεπε «η Ελλάδα, ταυτόχρονα με την Τουρκία, να προβεί σε βήματα καλής θέλησης, διότι οι μουσουλμάνοι στην Αθήνα δεν έχουν ακόμα ένα νεκροταφείο, ούτε και τέμενος όπου θα μπορούσαν να εκπληρώσουν τις θρησκευτικές τους υποχρεώσεις».
«Πράγματι, για μας είναι πολύ σημαντικό να δείξει η Ελλάδα την ίδια ευαισθησία για τα προβλήματα της τουρκικής μειονότητας στην Δυτική Θράκη» είπε ο Μπαγίς και κατέληξε: «Κρατώντας διάπλατες τις πόρτες του διαλόγου, θα κάνουμε ό,τι μπορούμε, ώστε να απολαμβάνουν όλοι τα δικαιώματα τους, χωρίς προβλήματα».
