Πάντως η πλευρά του κ.Μακρυγιαννάκη θεωρεί ότι δεν έχει πρόβλημα. Ο νόμος 2889/2001 στον οποίο βασίστηκε η ΕΔΕ για να τον παραπέμψει στο Πειθαρχικό και ο οποίος απαγόρευε στους πανεπιστημιακούς ιατρούς την άσκηση ιδιωτικού έργου, έχει καταργηθεί από τους νόμους 4009 και 4025 του 2011. Σύμφωνα λοιπόν με την ισχύουσα νομοθεσία, οι πανεπιστημιακοί γιατροί επιτρέπεται να ασκούν ιδιωτικό έργο.
Για το ίδιο θέμα το Διοικητικό Εφετείο Κρήτης με την υπ. αρ. 48/2011 απόφασή του, μεταξύ άλλων, όρισε για τον καθηγητή ότι ούτε από τον διενεργηθέντα έλεγχο του ΣΔΟΕ διαπιστώθηκαν αξιόμεμπτα στοιχεία, πλην φορολογικών παραβάσεων και ότι ήδη με το άρθρο 23 παρ. 2Θ’ του Ν. 4009/2011 επετράπη σε καθηγητές ΑΕΙ να ασκούν ελευθέριο επάγγελμα.
Ο γιατρός, ο οποίος είχε απομακρυνθεί από τα καθήκοντά του με απόφαση του διοικητή ΠΑΓΝΗ-Βενιζελείου Νίκου Κοκκίνη, προσέφυγε στο Διοικητικό Εφετείο αλλά και στο Νομικό Συμβούλιο του Κράτους που με τις αποφάσεις τους τον δικαίωσαν.
Έτσι ο Αντώνης Μακρυγιαννάκης ως εκλεγμένος καθηγητής και με απόφαση της Γενικής Συνέλευσης της Ιατρικής Σχολής, ανέλαβε την διεύθυνση της Μαιευτικής-Γυναικολογικής Κλινικής του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου Ηρακλείου, στη θέση του αναπληρωτή καθηγητή Γιάννη Ματαλλιωτάκη.
Μετά την απόφαση αυτή υπέβαλε την παραίτησή του ο καθηγητής Δημήτρης Γεωργόπουλος, πρόεδρος της Επιτροπής Ηθικής και Δεοντολογίας του Πανεπιστημίου, που για την ίδια υπόθεση είχε παραπέμψει τον κ. Μακρυγιαννάκη στα αρμόδια όργανα του Πανεπιστημίου Κρήτης.
Ακολούθησε επιστολή του Ν. Κοκκίνη, ο οποίος ζητούσε για ηθικούς λόγους να παραιτηθεί ο καθηγητής από την διεκδίκηση της θέσης του διευθυντή της Γυναικολογικής μέχρι να διαλευκανθεί η υπόθεση.
Το ίδιο ζήτησε και από τον κ. Ματαλλιωτάκη για υπόθεση που αφορά την υπερκατανάλωση αντισυμφυτικών και αιμοστατικών στην κλινική του, από το 2007 έως το 2009.
Ωστόσο ο κ. Μακρυγιαννάκης ξεκαθάρισε ότι δεν προτίθεται να παραιτηθεί γιατί τον δικαίωσαν, τόσο η απόφαση του Διοικητικού Εφετείου Χανίων στο οποίο προσέφυγε, όσο και του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους.
Για την υπόθεσή του ο καθηγητής δήλωσε στο CRETALIVE : “Δεν είναι η πρώτη φορά που στο πρόσωπό μου καταστρατηγείται κατάφωρα το τεκμήριο της αθωότητας. Από τότε που διεκδίκησα την θέση του τακτικού καθηγητή και κάθε φορά που τίθεται θέμα επιστημονικής μου εξέλιξης, δέχομαι επιθέσεις με στόχο την σπίλωση της επιστημονικής και ανθρώπινής μου υπόστασης, για την δημιουργία εντυπώσεων. Ευελπιστώ ότι θα δικαιωθώ από τα αρμόδια όργανα όπως ήδη έχω δικαιωθεί μέχρι τώρα. Οι νόμοι σε μια ευνομούμενη πολιτεία πρέπει να ισχύουν για όλους και όλοι κρινόμαστε”.
