Η Μεγάλη Ελληνική Επανάσταση του ελληνικού έθνους που οδήγησε στην... απελευθέρωση από την τουρκοκρατία και στην ίδρυση του νέου ελληνικού κράτους άρχισε πριν από την 25η Μαρτίου όπως είχε σχεδιαστεί και προπαρασκευαστεί από την Φιλική Εταιρεία. Τα προοίμια της επαναστάσεως στην Πελοπόννησο άρχισαν από τις 16 Μαρτίου όταν οι Kλέφτες Χονδρογιάννης και Πετιώτης πυροβόλησαν τον σπαή Σεϊδή Λαλιώτη και άλλοι ένοπλοι τον βοεβόδαν των Καλαβρύτων Ιμβραήμ Αρναούτογλου που μετέβαιναν στην Τρίπολη. Ο πολυγραφότατος νεοέλληνας ιστορικός Γεώργιος Π. Κρέμος στην Γενική Ιστορία (1890) γράφει: «Τούτο δε μαθόντες οι προύχοντες των Αχαιών ήρξαντο να εισέρχονται (22 Μαρτίου) εις Πάτρας, ων εν τοις πρώτοις ο Παπαδιαμαντόπουλος, ο Λόντος, ο Πατρών Γερμανός, ο Ζαϊμης, ο Κερνίτσης και άλλοι οδηγούντες έκαστος οπλίτας. Ο Γερνανός ύψωσε τότε πρώτον την σημαίαν της ελευθερίας εν τη πλατεία του Αγίου Γεωργίου και σταυρόν παρ’ αυτήν, ον οι προσερχόμενοι ασπαζόμενοι ετάσσοντο εις τους πολιορκητάς του φρουρίου».
Η Κρήτη δεν μπόρεσε να ακολουθήσει την Πελοπόννησο ημερολογιακά και καθυστέρησε περίπου ογδόντα ημέρες. Οι αρχηγοί της Εταιρείας δεν προγραμμάτισαν ή δεν μπόρεσαν να οργανώσουν συστηματικά τον επαναστατικό ευαγγελισμό στη Μεγαλόνησο εξαιτίας των δυσμενών τοπικών συνθηκών και της μεγάλης απόστασης. Η έκρηξη της επανάστασης στην Κρήτη αμέσως μετά την εξέγερση της Πελοποννήσου ήταν φαινομενικά αδύνατη. Τα εμπόδια ήταν πολύ μεγάλα.
Είναι χαρακτηριστικό ότι στην Κρήτη υπήρχαν τρεις πασάδες, ενώ στην Πελοπόννησο, περιοχή με πολλαπλάσια έκταση και πληθυσμό, υπήρχε μόνον ένας πασάς. Ο Κρητικός σκλάβος ζούσε βίο απερίγραπτο, σε άθλιες συνθήκες, τις οποίες περιέγραφαν όλοι οι Ευρωπαίοι περιηγητές της προεπαναστατικής περιόδου. Ήταν παντελής η έλλειψη όπλων και εφοδίων. Υπήρχε δυσαναλογία τούρκικου πληθυσμού σε σχέση με άλλες ελληνικές περιοχές. Τέτοια βέβηλη και φρικαλέα διοίκηση δεν είχαν παρουσιάσει σε άλλο μέρος της Ελλάδας οι τούρκοι, οι βάρβαροι όπως τους αποκαλεί ο ιστορικός Ιωάννης Φιλήμων.
Ο ιστορικός της Ελληνικής Επανάστασης Σπ. Τρικούπης ήταν άδικος και υπερβολικός στην κριτική του για την καθυστέρηση στην έναρξη της επανάστασης στην Κρήτη.
Ο Κληρικός-αγωνιστής-ιστορικός Καλλίνικος Κριτοβουλίδης γράφει: «Δια να έμβωσιν οι Έλληνες της Κρήτης εις τοσούτον άνισον αγώνα, εχρειάζοντο να έχωσιν οπωσούν τα προς πόλεμον αναποφεύκτως αναγκαία. Αλλά πού ήσαν τοιαύτα; Οι Τούρκοι προλαβόντες αφήρεσαν από τους κατά τας επαρχίας Έλληνας με φρικτάς βιαιοπραγίας όσα όπλα τυχόν είχον, είτε ως ποιμένες προς ιδίαν αυτών χρήσιν, είτε δια κυνηγέσιον, ή άλλην χρείαν. Εσπευδον δε ν’ αφαιρέσωσι ταύτα και από τους ορεινούς Σφακιανούς, τους οποίους υπώπτευον μάλλον, αλλ’ αυτοί επί διαφόροις δεδικαιολογημέναις προφάσεσιν απέφευγον να τα παραδώσωσιν. Οι Κρήτες εις δεινήν θέσιν ευρεθέντες εσυμβουλεύθησαν και πρότερον πολλάκις τας ναυτικάς νήσους Ύδρας και Σπετσών, αιτήσαντες την συνδρομήν των προσωρινώς εις τα αναγκαιούντα και ναυτικήν τινα δύναμιν· όθεν και σφάλλει ο Κύριος Τρικούπης, λέγων, ότι οι Κρήτες έμειναν αδιάφοροι».
Η επανάσταση επίσημα ξεκίνησε στις 14 Ιουνίου 1821. Οι επαναστατικές κινητοποιήσεις άρχισαν στα Σφακιά από τις αρχές Απριλίου. Στις 7 Απριλίου έγινε συνέλευση των Σαφακιανών στα Γλυκά Νερά, για να εξεταστεί η γενική κατάσταση στην Κρήτη και η δυνατότητα να συμπράξουν πολλές επαρχίες σε μια ενδεχόμενη επανάσταση. Η συνέλευση επαναλήφθηκε στις 15 Απριλίου στην Παναγία τη Θυμιανή. Εδώ αποφασίστηκε η επανάσταση, η οποία επίσημα ξεκίνησε στις 14 Ιουνίου και μάλιστα νικηφόρα με τη μάχη στον Λούλο Χανίων. Οι Τούρκοι απάντησαν με άγριο τρόπο στον ξεσηκωμό των Κρητών. Κρέμασαν τον επίσκοπο Κισάμου Μελχισεδέκ και σκότωσαν στα Χανιά 400 χριστιανούς. Στο Ρέθυμνο φυλάκισαν τον επίσκοπο , τον οποίο κρέμασαν μετά από ένα χρόνο και έσφαξαν πολλούς χριστιανούς. Στο Μεγάλο Κάστρο τα πράγματα ήταν ακόμη πιο άγρια. Οι Τούρκοι σκότωσαν το μητροπολίτη Γεράσιμο και πέντε επισκόπους. Έκαψαν τη μητρόπολη, λεηλάτησαν τη πόλη και βγήκαν στα περίχωρα. Θανάτωσαν ηγουμένους μοναστηριών, άοπλους διαβάτες και αγρότες. Σε 800 υπολογίζονται οι νεκροί. Τον επίσκοπο Πέτρας Ιωακείμ τον έσφαξαν οι Τούρκοι του Χουμεριάκου στη μονή Αρετίου. Στη Σητεία σφαγιάστηκαν 300 χριστιανοί, ενώ η Μονή Τοπλού λεηλατήθηκε και πολλοί μοναχοί σφαγιάσθηκαν.
Ύστερα από πολυαίμακτο δεκαετή αγώνα και τις απροσμέτρητες θυσίες, η επανάσταση στην Κρήτη τελείωνε χωρίς δικαίωση. Το Πρωτόκολλο της 22 Ιανουαρίου 1830 άφηνε την Κρήτη έξω από τα όρια του νεοπαγούς ελληνικού κράτους στην απόλυτη δικαιοδοσία του σουλτάνου. Τη λύση αυτή επέβαλε η αγγλική διπλωματία, που ήταν σταθερά εχθρική στο ζήτημα της κρητικής ελευθερίας. Θα ακολουθήσει η περίοδος της Αιγυπτιοκρατίας (1830-1840) και το κίνημα του 1841 ως συνέχεια των ανάλογων απελευθερωτικών κινημάτων της Θεσσαλίας και Μακεδονίας. Η περίοδος 1841-1866 χαρακτηρίζεται περίοδος ειρήνης. Η μεγάλη Κρητική Επανάσταση 1866-1869 αποτέλεσε την κορυφαία έκφραση του πόθου των Κρητών για ελευθερία και ένωση με την Ελλάδα που θα έλθει τελικά με μια σειρά από επαναστατικά κινήματα, με αποκορύφωμα την επανάσταση του 1897-1898 που θα κερδίσει την αυτονομία της η Μεγαλόνησος.
