Με μια σειρά γεγονότων όπως οράματα, σημάδια του Θεού και εμφανίσεις του ίδιου του Αγίου, βρέθηκαν στις 3 Ιανουαρίου 1950 τα Ιερά του Λείψανα και έγινε σταδιακά γνωστή η ζωή του.
Χιλιάδες πιστοί κατακλύζουν κάθε χρόνο τη Νέα Μάκρη, ελπίζοντας σε ίαση ψυχική, σωματική και πνευματική. Εκεί η Ηγουμένη Μακαρία και οι Μοναχές της, με πολλή ευσέβεια δέχονται τους επισκέπτες στην Ιερά Μονή, όπου φυλάσσονται τα Ιερά Λείψανα του Αγίου Εφραίμ.
Η Ηγουμένη ήταν εκείνη που είχε την αξίωση να βρει το Άγιο σκήνωμα, όταν ήτα νεαρή. Η Θεία Πρόνοια την είχε οδηγήσει το 1945 στα ερείπια του Μοναστηριού του Ευαγγελισμού της Θεοτόκου. Βλέποντας το ερημωμένο Μοναστήρι αποφάσισε να μείνει εκεί και να προσπαθήσει σταδιακά να αναστηλώσει την παλαιά Μονή. Καθώς εργαζόταν στο προαύλιο άκουσε μια απόκοσμη βαθιά φωνή να λέει:
«Σκάψε εκεί και θα βρεις». Η Μοναχή φώναξε έναν εργάτη και του ζήτησε να σκάψει στο συγκεκριμένο σημείο της αυλής. Εκεί υπήρχε ένας μισογκρεμισμένος τοίχος, ένα μέρος που έμοιαζε με παλαιό κελί Μοναχού. Σκάβοντας ανακάλυψε ο εργάτης ένα κρανίο, που εξέπεμπε γλυκιά ευωδία. Η Μοναχή κατάλαβε ότι βρήκαν το λείψανο κάποιου Αγίου και το ασπάστηκε ευλαβικά. Κατόπιν βρήκε ολόκληρο το σκήνωμα του Αγίου. Τα πήρε και τα τοποθέτησε σε μια θυρίδα. Το βράδυ που βρισκόταν στην παλαιά Εκκλησία άκουσε βήματα από την πλευρά που είχε βρεθεί ο τάφος, να διασχίζουν την αυλή και να κατευθύνονται προς την Εκκλησία. Την κυρίευσε φόβο και ξαφνικά άκουσε μια φωνή να της λέει: «Μέχρι πότε θα με αφήσεις εκεί πέρα; Και ποιος μου έβαλε το κεφάλι έτσι…»
Στράφηκε προς τη φωνή και τον είδε να στέκεται στην πόρτα. Ήταν ψηλός, αδύνατος, πολύ μελαχρινός, με μικρά στρογγυλά μάτια που είχαν ρυτίδες στις άκρες, γενειάδα που έφτανε ως το στήθος του και φορούσε ράσο. Με το δεξί του χέρι την ευλογούσε, ενώ από το αριστερό έβγαινε ένα φως απόκοσμο. Αγαλλίασε η ψυχή της μπροστά στη μορφή του και με θάρρος του απάντησε: «Συγχώρησέ με. Μόλις ξημερώσει με το καλό, θα τα φροντίσω όλα».
Πράγματι το πρωί η Μοναχή πήρε τα οστά, τα καθάρισε προσεκτικά από το χώμα, τα έβαλε σε μια θυρίδα στο Ιερό της Εκκλησίας και τους άναψε κι ένα καντηλάκι. Την ίδια νύχτα είδε στο όνειρό του τον ίδιο Μοναχό. Κρατούσε στην αγκαλιά του μια εικόνα του, φτιαγμένη από ασήμι. Δίπλα του βρισκόταν ένα μανουάλι. Η Μοναχή πλησίασε, άναψε μια λαμπάδα και άκουσε τη φωνή του: «Σε ευχαριστώ πολύ. Το όνομά μου είναι Εφραίμ».
Με διάφορες οπτασίες και οράματα, ο Άγιος Εφραίμ φανέρωνε στις αδελφές του Μοναστηριού την ιστορία της ζωής του. Η Μοναχή Μακαρία αφηγείται:
Ένα μεσημέρι λαγοκοιμόταν από την κούραση. Ξαφνικά βλέπει: «Μια ιερή πομπή να πλησιάζει προς το κελί της, ψάλλοντας ύμνους. Έφτασαν μέσα στο κελί, πήραν το σώμα του Αγίου που το κουβαλούσαν στους ώμους τους και το απόθεσαν στην αγκαλιά της. Οι ιερείς ξεκίνησαν να κάνουν την κηδεία και όλοι μαζί βρέθηκαν μέσα σε μια Βυζαντινή Εκκλησία, με περίτεχνο διάκοσμο, αφιερωμένη στον Άγιο».
Ένα μικρό κοριτσάκι που ζούσε στο ίδρυμα της Μονής μαζί με τη γιαγιά του, ένα βράδυ που ήταν ξαπλωμένο στο κρεβάτι του, είδε τον Άγιο να το πλησιάζει. Εκείνος το είδε φοβισμένο, του χάιδεψε το κεφάλι και του είπε: «Μη με φοβάσαι παιδί μου. Είναι ο Άγιος Εφραίμ».
Η γιαγιά του κοριτσιού ένα βράδυ αργά άκουσε κάποιον να στέκεται έξω από την πόρτα του θαλάμου. Πιστεύοντας πως ήταν η αδελφή Μακαρία της φώναξε. Ξαφνικά μια λάμψη φώτισε όλη την περιοχή του Μοναστηριού. Μέσα από το φως εμφανίστηκε ο Άγιος. Κρατούσε στα χέρια του μια μικρή Βυζαντινή Εκκλησία, που είχε τέσσερις τρούλους στις άκρες κι έναν μεγάλο στο κέντρο με ένα φωτεινό Σταυρό. Αμέσως η γιαγιά γονάτισε μπροστά του και ο Άγιος της μίλησε:
«Είμαι ο Μεγαλομάρτυρας Εφραίμ. Γεννήθηκα 14 Σεπτεμβρίου, ανήμερα του Σταυρού και πάλι 14 Σεπτεμβρίου ημέρα του Σταυρού, άρχισε το μαρτύριό μου. Να πεις στην αδελφή Μακαρία, πως θέλω να μου φτιάξει ένα τέτοιο προσκυνητάρι, στη στροφή του δρόμου, εκεί που καθόμουν και ξεκουραζόμουν».
Πράγματι οι Μοναχές έφτιαξαν το προσκυνητάρι, ένα κομψοτέχνημα, μικρογραφία Βυζαντινής Εκκλησίας.
Είναι αναρίθμητες οι μαρτυρίες για τις εμφανίσεις και τα θαύματα του Αγίου Εφραίμ. Ένα από αυτά αφορά την Εκκλησία του. Όταν έφτασε η ευλογημένη ώρα, που αξίωσε ο Κύριος, να χτιστεί ο Ναός του Αγίου, βρέθηκε από Θεία Πρόνοια, παλιά πέτρα που στόλιζε άλλοτε ένα οικοδόμημα στην Αθήνα. Η Ηγουμένη Μακαρία αναρωτιόταν, πού ακριβώς θα ήθελε ο Άγιος να χτιστεί η Εκκλησία του. Φτάνει τότε μια προσκυνήτρια στο Μοναστήρι και της λέει: «Είδα στο όνειρό μου τον Άγιο Εφραίμ και μου είπε: «Να πας να πεις στη Γερόντισσα, ότι τον τάφο μου τον θέλω μέσα στην Εκκλησία μου».
Πεντέμισι αιώνες φύλαγε η γη, σαν πολύτιμο θησαυρό στους κόλπους της τον Άγιο Εφραίμ, μέχρι που ο πολυεύσπλαχνος Θεός μας τον φανέρωσε, για να τον έχουμε βοηθό και οδηγό στις δύσκολες μέρες που ζούμε. Ας αναγνωρίσουμε όλοι μας τη δύναμη της πίστης και της προσευχής και ας προστρέχουμε σε Αυτόν, με ταπεινή καρδιά, παρακαλώντας Τον να μας ελεήσει. Και όλοι μαζί, ας ζητήσουμε από Αυτόν τον Άγιο του Θεού Εφραίμ, να είναι πάντα δίπλα μας, να μας φωτίζει, να μας στηρίζει και να μας καθοδηγεί.