Η Ι.Μονή ιδρύθηκε από τον μακαριστό Επίσκοπο Κισάμου και Σελίνου κυρό Άνθιμο (Λελεδάκη) το 1905. Λειτούργησε, παράλληλα, και ως Παρθεναγωγείο (Αστική Σχολή Θηλέων), στην οποία φοιτούσαν μαθήτριες της ευρύτερης περιοχής, μαθαίνοντας τέχνες της εποχής (πλεκτική, υφαντική, κ.α.).
Φιλοξένησε, επίσης, την νεοϊδρυθείσα, τότε, Σχολή Κωφαλάλων. Στην σημερινή της μορφή οι αδελφές της Μονής, έχοντας ως πρώτιστο μέλημα των την καλλιέργεια της νοεράς προσευχής, λειτουργούν εργαστήρια: αγιογραφίας, κηροπλαστικής, ιεροραφείο, κ.α.
Η Ι. Μονή ανακαινίστηκε κατά διαστήματα τόσο από τον μακαριστό Μητροπολίτη κυρό Κύριλλο, όσο και από τον αοίδιμο Μητροπολίτη κυρό Ειρηναίο, όμως λόγω των κατασκευαστικών δυσκολιών της εποχής εκείνης και, κυρίως, δυνατού σεισμού της 12 Οκτωβρίου 2013, ο οποίος έπληξε το μεγαλύτερο κτηριακό συγκρότημα της Μονής, είχε ως αποτέλεσμα οι κύριες πτέρυγες της Μονής να κριθούν ακατάλληλες προς χρήση από τις τεχνικές υπηρεσίες της Γενικής Γραμματείας Υποδομών, Δνση Αποκατάτασης Φυσικών Καταστροφών, του Υπουργείου Υποδομών και Μεταφορών.
Κατόπιν τούτου και με συντονισμένες ενέργειες του Σεβ. Μητροπολίτου Κισάμου και Σελίνου κ. Αμφιλοχίου και αφού εκπονήθηκαν, εγκρίθηκαν και αδειοδοτήθηκαν οι προβλεπόμενες μελέτες, άρχισαν οι εργασίες ανακαίνισης της Μονής.
Ο Ποιμενάρχης κ.Αμφιλόχιος σημείωσε: «Τα Μοναστήρια μας είναι τα προπύργια της πίστεως μας, καθώς πρώτιστο μέλημα και έργο των ασκουμένων είναι η καλλιέργεια της νοεράς προσευχής. Η ιστορία της Ι. Μονής Ζωοδόχου Πηγής Παρθενώνος έχει άρρηκτα συνδεθεί με τον τόπο και τους ανθρώπους του, δια τούτο και χαίρει τόσης ευλάβειας, αγάπης και σεβασμού. Ευχαριστούμε την Παναγία Μητέρα μας, εις την Οποία είναι αφιερωμένο το ιερό ετούτο παλλάδιο όπου πλήθος ψυχών βρίσκουν πνευματικό καταφύγιο και αναψυχή από τις περιπέτειες και αγωνίες της ζωής, που εισάκουσε τις προσευχές μας και μας αξιώνει, μετά από μακρύ δρόμο και δυσκολίες, να ζούμε και την κτηριακή ανακαίνιση της Μονής. Πολλές οι ευχαριστίες και η ευγνωμοσύνη μας προς τους συγκυρηναίους και συνοδοιπόρους της προσπάθειας ανακαίνισης της Μονής, καθώς οι ελάχιστες δυνατότητες της Μονής είναι φορές που δεν επαρκούν ούτε δια τον βιοπορισμό των εν αυτή ασκουμένων», κατέληξε ο Σεβ. Μητροπολίτης Κισάμου και Σελίνου κ. Αμφιλόχιος.
