Στη Χειμαδίτιδα, μετά από μελέτες στο πλαίσιο προγράμματος LIFE, το οποίο διακόπηκε με πρωτοβουλία της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, κατασκευάστηκε ανάχωμα που αυξάνει την στάθμη, με χρηματοδότηση από το ΠΕΠ Δυτικής Μακεδονίας. Το αποτέλεσμα ήταν κατακλυσμός των καλαμιώνων σε ποσοστό 80% και εξαφάνιση πολλών τύπων οικοτόπων για τα οποία η περιοχή εντάχθηκε στο δίκτυο NATURA 2000.
Στη Βεγορίτιδα, η στάθμη έχει υποχωρήσει κατά 30 μέτρα, κυρίως λόγω λανθασμένων διαχειριστικών πρακτικών και των ανεξέλεγκτων αρδευτικών γεωτρήσεων. Οι παράνομες επεκτάσεις των γεωργικών εκμεταλλεύσεων σε εκτάσεις από τις οποίες έχουν αποσυρθεί τα ύδατα οδηγούν σε συρρίκνωση σημαντικά οικοσυστήματα, όπως υγρά λιβάδια και καλαμιώνες.
Στη Ζάζαρη αλλά και στη Χειμαδίτιδα παρατηρούνται φαινόμενα ευτροφισμού από υπολείμματα λιπασμάτων, που καταλήγουν εκεί μέσω των αποστραγγιστικών τάφρων, καθώς και ρύπανση από κτηνοτροφικές μονάδες, ενώ σημαντικό είναι και το πρόβλημα των φερτών υλών.
Η λίμνη Πετρών αντιμετωπίζει προβλήματα καταπατήσεων, διαχείρισης των καλαμιώνων, καθώς και ρύπανσης από αστικά και βιομηχανικά λύματα, τα οποία μεταφέρονται μέσω συνδετήριας τάφρου και στη Βεγορίτιδα.
Το καθεστώς προστασίας στις λίμνες Πετρών και Βεγορίτιδα είναι ελλιπές, καθώς δεν έχει εκπονηθεί ακόμα η Ειδική Περιβαλλοντική Μελέτη (ΕΠΜ), δεν έχει γίνει επέκταση των Ζωνών Ειδικής Προστασίας, δεν έχει καθορισθεί επίσημα το μέγιστο και ελάχιστο της στάθμης στη Βεγορίτιδα και δεν έχουν σταματήσει οι καταπατήσεις των εκτάσεων που αποκαλύπτονται.
Το ζήτημα της προστασίας των λιμνών του Αμυνταίου τέθηκε στο Ευρωπαϊκό κοινοβούλιο από τον Ευρωβουλευτή κ. Μιχάλη Τρεμόπουλο, ο οποίος αναφερόμενος στις επιδόσεις της χώρας μας στο ζήτημα της προστασίας των περιοχών NATURA τις χαρακτήρισε απαράδεκτες, θυμίζοντας ότι για αυτές έχει ήδη καταδικαστεί από το Ευρωπαϊκό Δικαστήριο αρκετές φορές
http://www.protothema.gr
